Một số nội dung chính của Nghị định như sau:

Thứ nhất, việc quản lý, thanh toán, quyết toán dự án sử dụng vốn đầu tư công được quy định thống nhất trong một văn bản quy phạm pháp luật của Chính phủ, không bị phân tán tại nhiều Thông tư của Bộ trưởng Bộ Tài chính, việc này sẽ giúp các cơ quan, tổ chức, cá nhân tham gia hoặc có liên quan có đủ cơ sở pháp lý trong quản lý, thanh toán, quyết toán dự án sử dụng vốn đầu tư công và thuận tiện trong nghiên cứu, áp dụng.

Thứ hai, đối với quản lý, thanh toán vốn đầu tư công, ngoài các quy định chung về quản lý, thanh toán vốn cho dự án đầu tư công nguồn ngân sách nhà nước kế thừa từ các văn bản quy phạm pháp luật hiện hành, Nghị định đã bổ sung quy định về quản lý, thanh toán vốn đầu tư công thực hiện nhiệm vụ quy hoạch, vốn đầu tư công trong dự án đầu tư theo phương thức đối tác công tư (PPP), vốn đầu tư công từ nguồn thu hợp pháp của các cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập, đảm bảo tính thống nhất, đồng bộ, phù hợp với hệ thống văn bản pháp luật hiện hành. Trong đó, đối với dự án đầu tư công sử dụng vốn từ nguồn thu hợp pháp của đơn vị sự nghiệp công lập dành để đầu tư, nhằm tạo chủ động, Nghị định này cho phép các đơn vị sự nghiệp công lập có thể lựa chọn ngân hàng thương mại làm cơ quan kiểm soát, thanh toán (phù hợp với quy định của Chính phủ về cơ chế tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập).

Riêng đối với vốn cấp bù lãi suất tín dụng ưu đãi, phí quản lý; cấp vốn điều lệ cho các ngân hàng chính sách, quỹ tài chính nhà nước ngoài ngân sách; hỗ trợ đầu tư cho các đối tượng chính sách khác theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ; ngân sách nhà nước hỗ trợ cho các doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn theo quy định của Chính phủ, việc quản lý, thanh toán, quyết toán các nguồn vốn này đang được thực hiện theo các quy định riêng của Chính phủ nên không thuộc phạm vi điều chỉnh của Nghị định này để tránh chồng chéo giữa các văn bản quy phạm pháp luật.

Thứ ba, để hạn chế rủi ro cho ngân sách nhà nước, giảm số dư tạm ứng tại Kho bạc Nhà nước, đồng thời quản lý chặt chẽ và sử dụng đúng mục đích vốn tạm ứng từ nguồn vốn đầu tư công nguồn ngân sách nhà nước, gắn việc tạm ứng vốn phải phù hợp với tiến độ thực hiện hợp đồng, khả năng bố trí vốn hàng năm, Nghị định quy định mức tạm ứng hợp đồng không vượt quá 30% giá trị hợp đồng tại thời điểm ký kết (thấp hơn so với quy định hiện hành về tạm ứng theo hợp đồng).

Thứ tư, về thời hạn kiểm soát, thanh toán, để thống nhất việc quyết toán theo niên độ ngân sách chung (gồm cả chi đầu tư, chi thường xuyên), Nghị định quy định thời hạn tạm ứng vốn cho dự án là đến hết ngày 31 tháng 12 năm kế hoạch (trừ trường hợp tạm ứng để thực hiện bồi thường, hỗ trợ và tái định cư thì được thực hiện đến hết ngày 31 tháng 01 năm sau năm kế hoạch); thời hạn thanh toán khối lượng hoàn thành (được nghiệm thu đến hết ngày 31 tháng 12 năm kế hoạch) đến hết ngày 31 tháng 01 năm sau năm kế hoạch (trong đó có thanh toán để thu hồi vốn tạm ứng) trừ trường hợp được cấp có thẩm quyền cho phép kéo dài thời gian thực hiện và giải ngân vốn thì thời hạn thực hiện và giải ngân theo quyết định của cấp có thẩm quyền. Đồng thời, Nghị định đã rút ngắn thời gian tối đa kiểm soát, thanh toán vốn tại Kho bạc Nhà nước xuống 03 ngày làm việc sau khi nhận đủ hồ sơ theo quy định; Đối với các khoản chi tạm ứng vốn hoặc thực hiện theo hình thức “thanh toán trước, kiểm soát sau”, thời hạn kiểm soát, thanh toán của cơ quan kiểm soát, thanh toán là trong vòng 01 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ theo quy định.

Thứ năm, về quyết toán vốn đầu tư công nguồn ngân sách nhà nước theo năm ngân sách (quyết toán theo niên độ), Nghị định quy định cụ thể các nguyên tắc quyết toán, thời gian, nội dung, quy trình thực hiện chi tiết của từng đối tượng trong công tác lập, thẩm định, thông báo quyết toán và trách nhiệm của các cá nhân, tổ chức trong việc quyết toán. Nội dung quy định về quyết toán theo niên độ được kế thừa quy định hiện hành về việc quyết toán vốn đầu tư công nguồn ngân sách nhà nước theo năm ngân sách.

Thứ sáu, về quyết toán vốn đầu tư công dự án hoàn thành, Nghị định quy định cụ thể về chi phí đầu tư được quyết toán, nguyên tắc quyết toán, công tác lập, thẩm tra và phê duyệt quyết toán, cơ quan thẩm tra, nguyên tắc và cách thức thực hiện thẩm tra, thẩm quyền phê duyệt quyết toán, hồ sơ trình phê duyệt quyết toán, chi phí thẩm tra, phê duyệt quyết toán, thời gian thẩm tra, phê duyệt quyết toán; quy định về chế độ báo cáo, kiểm tra và quyền hạn, trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân trong quyết toán dự án hoàn thành. Nội dung quy định về quyết toán vốn đầu tư công dự án hoàn thành cơ bản được kế thừa tại các quy định hiện hành.